L'ONG respectée Cross Cultural Foundation a ainsi recueilli les témoignages de 54 anciens prisonniers qui font état de coups, de suffocations et de menaces de mort.
Tous déclarent avoir subi des tortures physiques ou mentales ces dernières années, notamment dans des camps militaires.
Des accusations rejetées en bloc, comme étant "imaginaires", par Promote Prom-In, porte-parole de l'armée, interrogé par l'AFP.
"Au début, ils m'ont juste giflé", raconte à l'AFP Weasohok Doloh, un des anciens prisonniers cités dans le rapport.
Arrêté en mai 2015 sur des soupçons de participation à un attentat, au bout de quelques jours dans le camp militaire d'Inkayuth, dans la province de Pattani, cela s'aggrave. Il est déshabillé et entravé.
Puis l'un des interrogateurs "a placé un sac plastique sur ma tête. Je ne pouvais plus respirer... ils ont retiré le sac quand je leur ai dit que j'allais avouer. Mais je n'avais rien à avouer alors ils ont continué", accuse-t-il.
Au total, il a passé 84 jours en détention avant d'être relâché sans inculpation.
Tous ces témoignages ne sont que "la partie émergée de l'iceberg", estime Pornpen Khongkachonkiet, de Cross Cultural Foundation.
D'après elle, la situation s'est aggravée depuis l'arrivée au pouvoir de l'armée par un coup d'Etat en mai 2014.
"En l'absence de mécanisme de surveillance depuis le coup d'Etat, les agents chargés des interrogatoires ont quasiment les mains libres", ajoute-t-elle.
Dans cette région rattachée à la Malaisie jusqu'au début du XXème siècle, la loi martiale est en vigueur et permet aux forces de l'ordre de détenir des suspects pendant six semaines sans inculpation.
Dans un autre rapport publié la semaine passée, une association musulmane faisait aussi état de dizaines de personnes torturées en 2015.
En 2015, les violences dans le sud de la Thaïlande ont fait 246 tués en 2015, niveau le plus bas depuis 10 ans.
Source: AFP